เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ จัดเป็นเรือพระที่นั่งกิ่ง ลำเดิมสร้างขึ้นในสมัยรัชกาลที่ 3 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ มีชื่อว่า “มงคลสุบรรณ” หัวเรือเป็นรูป พระครุฑพ่าห์ มีช่องกลมสำหรับติดตั้งปืนใหญ่ อยู่ที่หัวเรือใต้ตัวครุฑ มีความยาว 17 วา 3 ศอก กว้าง 5 ศอก 5 นิ้ว ลึก 1 ศอก 6 นิ้ว กำลัง 6 ศอก 6 นิ้ว พื้นท้องเรือภายนอก ทาสีแดง ฝีพาย 65 คน ต่อมาในรัชกาลที่ 4 ได้มีพระราชดำริให้เสริมรูปพระนารายณ์ยืนประทับบนหลังพญาสุบรรณ เพื่อความเป็นสง่างามของลำเรือ และเพื่อให้ต้องตามคติในศาสนาพราหมณ์ เทวรูปพระนารายณ์ที่สร้างขึ้นใหม่ในรัชกาลที่ 4 นั้น สร้างด้วยไม้จำหลักปิดทองประดับกระจกองค์พระนารายณ์ทรงเครื่องภูษิตา ภรณ์และมงกุฎยอดชัยพระพักตร์และพระวรกายประดับกระจกสีขาบ (สีน้ำเงินเข้ม) มี 4 พระกร ทรงเทพศาสตราคือ ตรี คทา จักร สังข์ ตามคติของพราหมณ์ซึ่งปรากฏในบทพระราชนิพนธ์เรื่องรามเกียรติ์ของรัชกาลที่ 1 ตอนกุมภกรรณต้องศรพระรามสิ้นชีวิต[2]

แลเห็นพระองค์ทรงลักษณ์ ผ่องพระพักตร์จำรัสรัศมี

สีเขียวดั่งนิลมณี มีกายปรากฏเป็นสี่กร
ทรงเทพอาวุธจักร สังข์ ทั้งตรี คทา ศิลป์ศร
จึงรู้ว่านารายณ์ฤทธิรอน จากเกษียรสาครเสด็จมา

แล้วขนานนามว่า “เรือนารายณ์ทรงสุบรรณ” ต่อมาเรือได้เสื่อมสภาพลงคงเหลือแต่โขนเรือเก็บรักษาไว้ในพิพิธภัณฑ์สถานแห่งชาติ[3]

ในปี พ.ศ. 2539 กองทัพเรือ ธนาคารไทยพาณิชย์ จำกัด (มหาชน) กรมอู่ทหารเรือ และกรมศิลปากร ได้มีหนังสือกราบบังคมทูลพระกรุณาขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตเพื่อสร้างเรือพระที่นั่งลำใหม่เพื่อน้อมเกล้าน้อมกระหม่อมถวายในวโรกาสพระราชพิธีกาญจนาภิเษกในพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2539 พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ทรงพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้จัดสร้าง พร้อมกับทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อเรือว่า "เรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ 9" เรือลำดังกล่าวมีฐานะเป็นเรือพระที่นั่งรองทอดบัลลังก์กัญญา[3]

ขั้นตอนการจัดสร้างเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ 9 แบบเรือได้คงขนาดและลักษณะของลวดลายแกะสลักทั้งหลายไว้ตามแบบเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณลำเก่า แต่ได้ปรับปรุงให้โขนเรือมีความสูงเพิ่มขึ้น และส่วนที่เป็นรูปพระครุฑพ่าห์ก็ออกแบบให้มีความงดงามยิ่งขึ้น พร้อมทั้งได้ขยายพื้นที่ของลำเรือให้กว้างขวางขึ้น โดยเฉพาะส่วนที่ทอดบัลลังก์กัญญาและประดับเครื่องสูงทั้งหลาย เริ่มดำเนินการสร้างตั้งแต่ วันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2537 กรมอู่ทหารเรือรับเป็นผู้จัดสร้างตัวเรือ พาย และคัดฉาก ส่วนกรมศิลปากรเป็นผู้ดูแลการออกแบบแกะสลักลวดลายตลอดจนการลงรักปิดทองประดับกระจก พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร พร้อมด้วยสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ พระบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวง ได้เสด็จพระราชดำเนินไปทรงวางกระดูกงูเรือ ณ กรมอู่ทหารเรือ กรุงเทพมหานคร เมื่อวันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2537 และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อมให้พระบาทสมเด็จพระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งยังเป็นสยามมกุฏราชกุมาร เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์ในพิธีปล่อยเรือพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ 9 ลงน้ำเมื่อวันที่ 5 เมษายน พ.ศ. 2539[4] การสร้างพระที่นั่งนารายณ์ทรงสุบรรณ รัชกาลที่ 9 ใช้งบประมาณทั้งสิ้น 11.7 ล้านบาท[5]